Es una forma de clasificar las plantas por los compuestos extraidos que presentan y entre ellos, los de la madera. Pueden estar exclusivamente en una especie o caracterizar un grupo de ellas. Estas sustancias son analizadas por métodos clásicos, espectrometria, cromatografía o combinación de ellos. El inconveniente es que muchos de estos compuestos químicos se modifican con el tiempo, alterándose y por tanto dificultando la identificación.